治疗灰指甲的方法很多，可以外涂药，可以内服药，还可以外科手术拔除病甲。手指甲和脚趾甲的生长速度是不同的，从根部开始至前游离缘，手指甲需要100天时间，而脚趾甲大约要300天时间，也就是说脚趾甲的生长速度只有手指甲的1/3。所以治疗灰指甲必须要有耐心。
外科手术拔甲适于单发的灰指甲，可在局部麻醉下进行，或先用溶甲剂把病甲包扎3天，然后再拔除。由于甲的生长是从根部开始的，坏甲消除了新甲就可正常地生长。但此法痛苦较大，不易接受。
局部涂药痛苦小，但比较费时费力，优点是比较经济、简便易行。方法是每日用刀先将病甲刮薄，外涂30冰醋酸，每日1～2次，直至治愈为止，约需3～6个月以上。涂药时应注意保护甲周的皮肤。
内服抗真菌药物适于多个指(趾)甲同时患病者，此法在临床上早有应用，如灰黄霉素及酮康唑吸取均有一定疗效，但因其毒副作用大而不能推广。随着医学的发展，新药不断出现，不仅疗效提高了，而且副作用也大大减少了。现在有一种伊曲康唑是新一代抗真菌药，可用于各类真菌感染，尤其适于治疗甲真菌病。具体方法是每月一周冲击治疗，即每次2粒，每日两次，餐后即服，连服1周，停药3周为一个冲击疗程。手指甲需两个冲击疗程，脚趾甲需3 个冲击疗程。此法疗效好，副作用小，但花费相对较高，而且部分患者停药后仍可复发。
总之，治疗灰指甲要因人制宜，因地制宜，坚持不懈。同时还应积极治疗身体其他部位的癣病及慢性全身性疾病，提高自身抵抗力，防治并重，这样才有可能彻底治愈灰指甲。