手术是胃间质瘤首选的治疗方式，要争取彻底切除肿瘤，必要时可行术中快速冷冻检查，保证切缘瘤细胞阴性，对于远离贲门或幽门，直径＜5 cm的肿瘤可考虑胃楔形切除，若直径＞5 cm可行根治性胃大部或全胃切除。与其他软组织肉瘤相比，这些肿瘤具有很脆的假囊，特别是较大的胃外生性肿瘤，术中应小心避免肿瘤破溃引起腹腔内播散，胃恶性间质瘤转移以肝脏、肺和腹膜多见，淋巴结巴结转移罕见，故淋巴结清扫不占重要地位，手术相对做到D1或D2即可。同时胃间质瘤有多发的可能，在手术中一定要探查整个胃肠道，避免漏诊。