肝囊肿多数症状轻微，常偶然发现上腹部无痛性肿块，或有肝区胀痛、食欲不振、嗳气、恶心、呕吐、消瘦。若囊肿增大压迫胆总管则有黄疸，破裂可有囊内出血，带蒂囊肿扭转可有急性腹痛；肝肿大但无压痛，约半数患者有肾、脾、卵巢、肺等多囊性病变。
多发性囊肿可考虑部分肝切除术；囊肿破裂感染可应用抗生素治疗。 肝囊肿常见的并发症是破裂出血、细菌感染、瘘及穿透，而罕见癌变。