腱鞘囊肿有时可被挤压破裂而自愈。临床治疗方法较多，但复发率高。
1．非手术治疗 原理是使囊内容物排出后，在囊内注入药物或留置可取出的无菌异物(如缝扎粗丝线)，并加压包扎，使囊腔粘连而消失。通常是在囊内注入醋酸强的松龙0．5ml，然后加压包扎。本方法简单、痛苦较少，复发率也较低。
2．手术治疗 手指腱鞘囊肿——般较小，穿刺困难；其他部位多次复发的腱鞘囊肿，都可手术切除。术中应完整切除囊肿，如系腱鞘发生者，边同时切除部分相连的腱鞘；如系关节囊滑膜疝出，应在根部结扎切除，以减少复发机会。