结膜炎的治疗因病因不同而异。眼睑可用清水和干净毛巾轻轻洗净，去除分泌物。如为细菌性结膜炎、可滴用抗生素眼药水或药膏。医生有时会用棉签擦下一点分泌物送实验室检查，再根据检查结果调整用药。一般结膜炎不需用皮质类固醇眼药水。如考虑是疱疹病毒性结膜炎，则绝对不要滴用皮质类固醇眼药水，其可能使病情加重。

对于过敏性结膜炎和病毒性结膜炎，抗生素治疗无效。如是过敏性结膜炎，口服抗组胺药可以止痒和缓解刺激症状，如果无效，也可试用皮质类固醇眼药水。