1、病原体差别
非淋菌性尿道炎的病原体是沙眼衣原体和支原全、白色念球菌、阴道毛滴虫等，而淋病的病原体是淋病双球菌。
2、临术症状差别
非淋菌性尿道炎的临床症状是分泌物呈乳白色，以缓缓尿道炎的状态出现出来；而淋病的初衷症状是自尿道口流出多数黄色脓性分泌物，以急性尿道炎的状态出现出来。
3、治疗上的差别
　　非淋菌性尿道炎的治疗药物以四环素类、红霉素药物为主；而淋病的治疗药物以青霉素类、头孢莓素类药物为主。