慢性结膜炎之所以难以根治，主要的原因是一些刺激因素往往未能及时消除，所以除了点眼药水和热敷治疗之外，应设法改善环境，尽量减少接触刺激源，对必须在有较多烟尘或其他刺激性因素等存在的特殊环境里工作的人，配戴有罩的风镜是预防慢性结膜炎的较好方法。另外，注意消除不良卫生习惯，保持充足的睡眠，戒烟限酒，避免化妆品、洗发液等刺激对于预防慢性结膜炎也很重要。实践证明，只要病因明确，治疗和保养得当，多数慢性结膜炎是能治愈的。
最后，值得注意的是，慢性结膜炎并不是导致眼睛长期发红充血的唯一原因。如果眼睛长期发红充血，除了慢性结膜炎外，也要考虑有其他疾病的存在，如慢性角膜炎、慢性虹膜睫状体炎、颈内动脉海绵窦瘘等疾病。因为这些疾病也可以表现为长期眼睛发红充血而容易被误诊，不可大意。