初起可以采取保守疗法。祖国医学认为此病多以湿热下注，大肠热毒多见。临床辨证施治，一般多用五味消毒饮和黄连解毒汤化裁，成药可以选用牛黄解毒片、连翘败毒丸、二妙丸等。或服用先锋霉素、磺胺类药物控制感染。外用安氏熏洗剂坐浴熏洗，肛门内可用痔疮栓、京万红等消炎。

　　药物治疗无效，局部炎症不减轻，反复发作者，可考虑手术治疗。肛窦炎可施行肛窦切除术，即在局麻下，将感染的肛窦切开，创面不缝合，外用油纱条压迫止血固定。术后每天坐浴，局部换药，一般7～10天伤口愈合。肛乳头切除术：小的肛乳头可直接切除，乳头大的则需要用线结扎基底部后切除。