隐匿性肾炎目前尚无确切有效的治疗方法，平时应积极控制和预防诱发因素，特别是上呼吸道感染或病毒感染，去除感染灶以减少使肾炎恶化的诱因。避免过度劳累，以尽量减少病情的复发。尽量避免使用对肾脏有损害的各种药物，对于那些经过长期随访、尿液检查有少量蛋白尿、镜下血尿、肾功能正常的患者，试用激素加免疫抑制剂治疗，可取得一定效果。其他药如潘生丁以及中医中药，亦可根据病情选择应用。一些仅表现为显微镜下血尿的病例，无需药物治疗，可继续观察，有不少人可自愈。