冷冻治疗相对于激光疗法要缓和得多，在扁平疣亦可选用，但应注意掌握时机。扁平疣在初发时，皮损较活跃，发展较快。疣体色浅褐、浅红或与肤色接近，可稍带光泽，显得很鲜活。这时如果采用冷冻治疗，容易刺激疣体增生，造成病损增多、扩大，反而加重病情。
扁平疣时间较久者，疣体成熟、稳定，大小如黄豆或绿豆，颜色深褐至黑褐色，缺乏光泽，显得很晦暗。这时较适合冷冻治疗。