子宫内膜异位症的治疗应根据病人的年龄、对生育的要求、症状、病变部位与范围以及有无合并症等，综合分析，确定治疗方法。治疗包括药物、手术及放射疗法等。对有生育要求的年轻妇女，尽量采用药物治疗或保守性手术；对年龄大、无生育要求的妇女可行全子宫及双附件切除术。
(1)药物治疗；主要是激素疗法。因为异位内膜对卵巢内分泌有反应，所以采用性激素治疗已成为本病的重要治疗方法。性激素治疗主要是抑制排卵或引起闭经，使异位内膜发生退行性变，继而坏死、吸收。经过性激素泊疗后约有85的病人的症状可缓解，也有的病人经治疗后妊娠。但性激素类药物如常有不同程度的副反应，如食欲减退、恶心、肝功能不正常等，停药后可以消失。也有些病人长期使用后，疗效不够稳定，且停药后容易复发。因此性激素治疗应当在医生指导下应用。目前常用的性激素有雄激素、孕激素、雌激素、丹那唑等。
(2)手术治疗：经药物治疗无效，卵巢形成较大的囊肿(内膜异位)、盆腔病变严重或症状严重者，应考虑手术治疗。手术可分为保守性、根治性和半保守性3种：①保守性手术：主要是切除患侧卵巢或剥除卵巢内膜异位囊肿，分离盆腔粘连，清除盆腔病灶，保留生育机能。这种手术多用在年轻和要求生育的病人。②根治性手术：包括全子宫、双附件及盆腔病灶切除。主要用在年龄较大的近绝经期的病人后半保守性手术；就是切除子宫或子宫病灶，切除盆腔病灶，保留一侧或双侧卵巢。保守性或半保守性手术因为保留了卵巢，所以病变可能复发，甚至要再次手术。这些病人通常在保守性手术后，要用性激素治疗一段时间。