是性病，并发症有男性：附睾炎、前列腺炎、精囊炎。衣原体还可影响精子活力，造成性功能障碍。女性：急慢性输卵管炎，异位妊娠、不育、流产、死胎。

非淋菌性尿道炎确诊后，采用广谱抗生素疗法，并且强调要连续不间怕用药，要规则、定量、彻底治疗。治疗后10－20天复查再次均为阴性，并临床症状消失为治愈。本病治疗时所需的疗程较长。